Ёсинака был двоюродным братом Ёритомо. Он был сыном Ёсиката, младшего брата Ёситомо. Ёсиката, в свою очередь, являлся четвертым сыном Тамэёси, старшими же были Ёситомо, Тамэтомо и Юкииэ, дядя Ёритомо, который отвез воззвание принца на восток к Минамото.
Жизнь Ёсинака была трагичной с самого его рождения. Его отец Ёсиката был убит в 1155 г. Из предосторожности он спрятал беременную жену и белое знамя клана Минамото в доме одного крестьянина, сочувствовавшего ему. Враг попытался захватить жену и ухаживавшую за ней крестьянку. Чтобы им легче было ускользнуть, они разошлись в разные стороны, и крестьянка направилась к озеру Бива. Спасаясь от преследовавших ее самураев, она бросилась в озеро и поплыла к каким-то лодкам или баржам. Приблизившись, она с ужасом увидела, что они полны вражеских самураев. Один из них занес меч и отсек ей правую руку, сжимавшую знамя Минамото. Рука опустилась на дно озера, а вслед за ней вскоре последовало и мертвое тело. Четыре дня спустя сын крестьянки выловил из воды руку матери, все еще державшую знамя, и отнес ее в хижину, где жена Ёсиката собиралась родить младенца Ёсинака.
Далее, согласно легенде, самурай по имени Сайтоо Санэмори был послан арестовать вдову Ёсиката и убить младенца, если это окажется мальчик, но Санэмори сжалился над ними и не выполнил приказ. Он вернулся к своему господину и принес руку крестьянки в подтверждение того, что убил мальчика. При содействии Санэмори младенец Ёсинака был тайно вывезен в горный район Кисо в Синано, где и вырос. Он принял фамилию Кисо, предпочтя ее Минамото, и потому был больше известен как Кисо Ёсинака. Он вырос могучим воином, ему было 28 лет, когда он получил воззвание принца Мотихито. Как и его двоюродный брат, Ёсинака с готовностью откликнулся на призыв, однако выпавший в горах снег не позволил ему выступить немедленно, и кампания 1180 г. закончилась без его активного участия.
Затем страна подвергалась засухам и наводнениям, которые погубили урожаи 1180 и 1181 гг., а затем последовал такой страшный мор, что население «внутренних провинций» сократилось на одну десятую. Все это привело к тому, что военные действия возобновились только в июле 1182 г..
Тайра, главой которых после смерти Киёмори стал его сын Мунэмори, поручили незавидную роль преследователя Ёсинака своему союзнику Дзё Сукэнага—по той лишь причине, что, будучи правителем Этиго, он оказывался первым из тех, на кого Ёсинака вероятнее всего должен был напасть. Дзё принял вызов, был разбит и вскоре умер. Ёсинака тем временем вторгся в Кодзукэ, но поскольку эта область находилась в опасной близости к сфере влияния его двоюродного брата, он повернул на север и совершил широкий обход через провинции Этиго, Эттю, Кага, Этидзэн и Вакаса, круша союзников Тайра налево и направо. Продвижение Ёсинака было столь быстрым и энергичным, что к концу лета 1182г. границы его территории уже проходили всего в сорока милях от Киото. Он вполне мог бы атаковать Киото с севера, но не стал этого делать, поскольку ему гораздо выгоднее было подождать, пока голод и эпидемия не сделают за него всю работу.
Ёритомо понял, что Ёсинака не захочет стоять ниже него самого, и решил устранить потенциального соперника. Ранней весной 1183 г. он послал в горы армию, которая должна была атаковать Ёсинака. К счастью, благоразумие восторжествовало, и после нескольких осторожных маневров армии разошлись в разные стороны. Ёритомо стал обдумывать свой следующий ход, а Ёсинака готовился встретить новую угрозу со стороны Тайра.
К концу апреля Тайра оправились настолько, что решились всеми силами напасть на Ёсинака, который представлял для них большую опасность, чем Ёритомо. Тайра Мунэмори собирал еще одну огромную армию, и с небольшими боями дошел до Тонамияма.
Ниже, там, где горный хребет пересекает проход, лежит долина Курикара. Именно там Ёсинака и готовился встретить Тайра. В тот день передовые отряды Минамото завязали стычки с отрядами Тайра. Когда стемнело, появилось разъяренное стадо волов с привязанными к рогам сосновыми факелами, и врезалось во фланг Тайра. Одновременно с этим все остальные воины Минамото бросились на врага. Как и планировал Ёсинака, единственным путем к спасению им показалось ущелье Курикара, в которое их намеренно оттесняли. Как сказано в «Хэйкэ моногатари», «уж на что глубоко ущелье Курикара, а и оно оказалось тесным, когда семьдесят тысяч всадников Тайра рухнули вниз, прямо в пропасть. Кровью заструились горные речки, горы трупов заполнили все ущелье. Это было первое поражение, понесенное Тайра с начала войны. Битва в ущелье Курикара, или битва при Тонамияма, стала поворотным моментом в истории войны Гэмпэй.
Соединившись со своим дядей, Минамото Юкииэ, Ёсинака стал преследовать остатки армии Тайра, со всей возможной поспешностью отступавшие к столице. Минамото настигли их 12 июня у Синовара в Ката, где на следующий день произошло жестокое сражение. Битва при Синовара решающего значения не имела. Она примечательна главным образом благодаря одному эпизоду в самом конце.
Ёсинака сидел на походном стуле и осматривал головы убитых врагов, когда к нему подошел самурай, который принес еще одну голову. Он был озадачен своим трофеем, поскольку перед поединком противник отказался сообщить ему свое имя. Убитый им самурай носил красный парчовый кафтан, какой носят военачальники, но при нем не было личной охраны. Ёсинака посмотрел на голову, и ему показалось, что он узнает черты Сайтоо Санэмори, человека, спасшего ему жизнь, когда он был младенцем. Но волосы на отрубленной голове были черные, тогда как Сайтоо Санэмори к тому времени должен был уже состариться. Позвали одного из командиров, который хорошо знал Санэмори, и тот вспомнил, что когда-то Санэмори говорил ему: «Если мне придется воевать на старости лет, я выкрашу волосы и бороду в черный цвет, чтобы выглядеть моложавым. Неразумно соперничать с молодыми и стараться превзойти их в проворстве и силе; но обидно, если станут презирать тебя за старость и пренебрегать тобою в сражении...» Ёсинака вымыл голову в воде, и черная краска сошла с волос. Это действительно был Санэмори, который получил позволение от военачальников Тайра надеть красный парчовый кафтан в своем последнем, как он и думал, сражении.
17 августа 1183г. государь-инок Го-Сиракава вернулся в Киото в сопровождении Минамото Ёсинака и Минамото Юкииэ. Вступление армии Ёсинака в Киото потрясло Ёритомо не меньше, чем Тайра, к тому же Ёсинака вскоре стал там крайне непопулярен. Самураи Ёсинака и Юкииэ вели себя как орда, которой завоеванный город отдан на разграбление. Грубые горцы из Синано, дикие, свирепые и голодные, грабили равно и сторонников Тайра, и тех, кто поддерживал Минамо-то. Между Ёсинака и Юкииэ установились далеко не дружеские отношения. Двор покатывался со смеху, прохаживаясь по поводу манер этих двух деревенских увальней. Когда Го-Сиракава давал им аудиенцию, они поспорили из-за старшинства, а затем, всем на потеху, согласились на компромисс и вошли в зал бок о бок. Для человека, выросшего в изысканной атмосфере японского двора эпохи Хэйан, подобное поведение казалось неприемлемым.
К концу 1183 г. Ёсинака и Юкииэ покинули Киото, чтобы найти и добить тех Тайра, которые отступили на свою территорию, к Внутреннему морю. Карательная экспедиция обернулась провалом. Ёсинака был без особого труда разбит при Мидзусима 17 ноября, а Юкииэ потерпел поражение при Му-раяма неделю спустя. Потерпев неудачу, оборванная и усталая армия Минамото вернулась в столицу.
Положение Ёсинака становилось день ото дня все хуже и хуже. Ёритомо посылал ему угрозы из Камакура, а Юкииэ, поняв, что дело зашло слишком далеко, покинул его на произвол судьбы. Ёсинака рвал и метал. Он посадил Го-Сиракава под домашний арест, укрепил свой дом и даже предложил Тайра заключить союз против Ёритомо. В феврале 1184 г. все его планы потерпели крах, когда он узнал, что к Киото приближается большое войско во главе с Ёсицунэ.
Ёсинака остался в столице и послал двух лучших своих командиров удерживать переправу через Удзи. Он собирался использовать реку как естественный рубеж, подобно тому как четыре года назад это сделал Минамото Ёримаса, только защищал он теперь противоположный берег. Тем не менее, самураям Ёсинака не удалось остановить переправу войск противника, после которой поражение Ёсинака последовало столь же быстро, как и разгром Ёримаса в 1180 г.
Конец Ёсинака был близок. «Год назад он прибыл из Синано с пятидесятитысячным войском, теперь он бежал вдоль русла реки всего с шестью приближенными, уже затерявшись в мрачных сумерках нижнего мира».
С ним ехала его жена, Томоэ Годзэн. То была известная своей храбростью женщина-воин. Со своим братом, Имаи Канэхира, она вслед за Ёсинака устремилась в его последнюю отчаянную атаку против самураев Ёсицунэ. Отрубив голову одному из них, она сбросила боевые доспехи и пустила коня на восток. Имаи предложил Ёсинака укрыться в роще и совершить харакири, а он тем временем задержал бы врагов. «Хэйкэ моногатари» так описывает то, что произошло вслед за этим:
Ёсинака один-одинешенек мчался к сосновой роще Авадзу. А дело было в двадцать первый день первой луны, уже пали ранние сумерки, земля подернулась тонким льдом. Не заметив, что впереди раскинулось глубокое заливное поле, он направил туда коня и провалился в жидкую грязь так глубоко, что конь погрузился в воду чуть ли не с головой. Привстав на стременах, Ёсинака понукал и хлестал коня, но тот не двигался с места. Тревожась о судьбе Канэхира, Ёсинака оглянулся, и в этот самый миг скакавший за ним вдогонку Тамэхиса Исида, самурай из клана Миура, с силой натянув тетиву, послал стрелу прямо ему в лицо. Тяжко раненный, Ёсинака поник, рухнул вперед, уткнувшись головой в конскую шею. Тут к Ёсинака подскочили два челядинца Исида и сняли ему голову с плеч.
Исида надел голову Ёсинака на кончик меча, вскинул высоко вверх и громовым голосом возгласил:
— Я, Тамэхиса Исида, одолел Ёсинака из Кисо, чья слава давно гремела по всей Японии!
Тем временем Канэхира все продолжал сражаться, но, услышав голос Исида, воскликнул:
— Зачем же мне теперь биться, кого защищать?! Глядите же сюда, восточные витязи! Глядите, как принимает смерть первый храбрец Японии! — и, вложив кончик меча в рот, прыгнул с коня вниз головой, так что меч пронзил его насквозь, и Канэхира пал мертвым.